Trung tâm Hợp tác được tổ chức theo các phần, mỗi nhóm có một khu vực hoạt động cụ thể. Các cơ quan quản lý của Trung tâm hợp tác bao gồm:

• Hội đồng các cơ quan hỗ trợ: Hội đồng các thể chế hỗ trợ được thành lập bởi một đại diện cho mỗi tổ chức hỗ trợ. Các cuộc họp của Hội đồng Quản trị được tổ chức thường xuyên trên cơ sở sáu tháng. Nhiệm vụ của Hội đồng Quản trị là (i) Tham gia vào các cuộc hẹn của Giám đốc, Phó Giám đốc, thành viên của Uỷ ban Khoa học; (ii) phê duyệt các vấn đề tài chính và báo cáo hàng năm của Trung tâm; và (iii) phê duyệt các thể chế hỗ trợ mới có thể.
• Ban chấp hành: Giám đốc và Điều phối viên quốc tế tạo thành Ủy ban. Họ được bổ nhiệm bởi Chủ tịch của Trường Đại học Bách khoa Hà Nội. Nhiệm vụ của Ban Chấp hành là (i) quản lý mọi hoạt động của Trung tâm; (ii) quản lý và giám sát tất cả các Phòng trong Trung tâm; (iii) chuẩn bị các báo cáo và kế hoạch hàng năm của Trung tâm.
• Ủy ban Khoa học: Ủy ban Khoa học được thành lập bởi tối đa là 15 thành viên. Các thành viên của Uỷ ban Khoa học do Hội đồng Hỗ trợ chỉ định trong thời gian ba năm và có thể được bổ nhiệm lại. Uỷ ban khoa học cho phép tư vấn khoa học và hướng dẫn cho các hoạt động của Trung tâm Hợp tác. Uỷ ban Khoa học xem xét báo cáo khoa học do Ban chấp hành chuẩn bị và phê duyệt. Tại thời điểm này, các thành viên của Hội đồng các Tổ chức Hỗ trợ thành lập Uỷ ban Khoa học.